1985年，附属医院进行了一些改革，都取得一定成果。在基础临床各教研室主治医生和医疗科室主任中实行聘任制。这项举措调动了基础临床教师和医疗科室医务人员的积极性，使基层领导的事业心和责任心得到了加强。为了提高医务人员的技术水平，附属医院组织主治医生进行业务考试，促进了医疗骨干的业务学习和医疗水平的提高。
1986年，首届教师职务评聘开始。学校为了大力加强师资队伍建设，成立了师资工作领导小组和专司师资工作的职能机构——师资办公室，加强师资管理和培训。1988年该机构改为师资干部处，制定了一系列师资管理、教师进修、培训等管理条例，使学校师资队伍建设步入正轨。
1987年1月，中共锦州医学院第六次代表大会召开。大会以后，学校加大了改革力度。首先，在领导体制上，进一步完善了党委领导下的院长负责制，实行党政分工。强化党政各自的职能，使党政两个系统都能发挥各自的作用，又特别强调要互相配合。
其次，进行了教学和学生管理体制的改革。改革了过去教学和学生由学校集中领导、统一管理的体制，使教学和学生管理在基础部和医学系这个层次统一起来。在基础部和医学系下设必要的职能科室，加大系部的管理权限，并配备有必要的干部，扩大了医学系和基础部的自主权，充分发挥其指挥职能。
第三，改革了马克思主义理论课教学管理体制。在马列主义教研室的基础上成立了社会科学教研部，与基础部、医学系为同级教学单位。教研部下设六个教研室，实行党委和院长双重领导的体制，以加强政治理论教育和思想品德教育的管理。开展医学与社会科学相结合的学术活动，筹建开设新学科，以便逐步改革学校的教育结构，更好地适应社会的需要。
第四，改革了考试管理制度。成立考试中心，统一组织管理考试工作。设立题库，与全国30余所医学院校进行试题交换。考场采取不同年级、不同学科穿插就座，组织机关干部参加监考，考场纪律有了明显好转。考试制度的改革受到省内外和国家有关部门的关注，被一些兄弟院校采纳、效仿并推广。
