1991年，学校在古塔区建立了社区预防保健实习基地，本科五年级学生在毕业实习期间安排四周社区预防保健实习，进行疾病调查、预防保健和医疗服务，经受锻炼，接受教育，增长才干。卫生部教育司领导视察了学校预防保健实习基地，对学校的工作给予肯定，表示支持。
为了促进医学教育改革和提高教育管理水平，1991年10月5日，学校成立了医学教育研究所，副院长关永琛任所长。医教所的成立，发挥了教育科学研究、咨询和参谋、教育培训、宣传交流、信息共享等方面的职能和作用。
1992年初，邓小平同志视察南方并发表重要谈话。学校党委及时组织学习和领会谈话的重要意义，先后四次召开会议，结合学校实际，研讨、部署学校深化改革的各项任务。学校党政主要领导和有关部门的干部，分头到南方、北京和省内一些高等院校参观考察。在这些工作的基础上，学校确定深化改革的指导思想、目的和基本内容。改革工作由学校党委书记和院长总负责，其他学校领导分工负责，按照内部管理体制改革、教育和教学改革、科技改革和发展校办产业、后勤改革四个方面组成相应的工作班子，提出改革方案。
年初，学校党委在充分论证和审议的基础上正式确定了学校专科教学改革方案和教学计划。专科部和基础部协同努力，按照教改方案的要求，初步建立了14个学科教研室、5个联合组、6个中心实验室，落实了任课教师，编写出120万字的医学基础总论、各论和病例讨论课教材以及部分实习指导用书。专科部克服困难自制了130余种教学标本，满足了教学需要。学校还增设了麻醉学专业，建立了麻醉学教研室，9月份正式招收20名麻醉学专业专科学生。学校还加强了教学检查，教学质量有所提高。1992年，本科学生参加了省外语统考和中国革命史统考，均取得较好成绩。同时在省市的大力支持下，学校克服困难，在较短时间内完成了旧教学楼改建，医疗技术人员配备，医疗和后勤设备的购置、安装等附属第二医院开诊前的准备工作。7月8日，在学校旧教学楼基础上改建的附属第二医院隆重举行落成典礼。附属第二医院的建成，进一步改善了学校医疗和临床教学的条件。
