为了跟上医学教育改革的步伐，培养高质量应用型人才，学校对教学内容的改革加大力度。1993年，副院长关永琛带领几十名骨干教师，在“淡化学科界限、强化培养目标”教育思想指导下，探索出一条教改新路。他们根据世界卫生组织《爱丁堡宣言》中对医学人才培养规格的要求，结合中国国情，确立了“以人体器官系统为中心”的医学教改模式，并明确该项改革以培养学生临床能力为主线，突出加强群体防治、强化预防战略的特点。为配合这一改革，他们编写了一套《医学基础》教材，共四册。新教材本着学生是学“医学”而不是学“学科”的指导思想，“以人体器官系统为中心”，根据需要综合和重组了原基础医学诸学科的知识，实现了形态与功能、生理与病理、理论与实践、基础与临床的有机结合。“以人体器官系统为中心”的改革方案，首先在专科教育中实施。这项改革的总结论文被收入荷兰出版的《社区医学教育年鉴》中，极大地提高了学校的知名度。1994年10月6日，《中国教育报》对此做了相关报道。
为了将科研成果转化为生产力，学校加强了科技开发工作。1992年4月25日，学校成立了科技开发部，统一管理学校科技开发工作，同时制定了科技开发管理暂行条例和科技校办产业暂行管理条例。1992年，学校共推广、转让8项科技成果。
为了建设一支高水平的师资队伍，1991年6月25日，学校制定了《关于选拔和培养学科后备带头人的暂行规定》，规定了学科后备带头人的条件、选拔程序以及培养和优惠政策，鼓励教师不断提高思想素质，刻苦钻研业务，积极做好本职工作，提高教学、医疗质量和科研水平。
1991年，孙耀教授作为有突出贡献的科技专家，经国务院批准享受每月100元政府特殊津贴。席焕久教授被国家教委和人事部授予“有突出贡献的优秀归国人员”。李泽山教授被授予“全国优秀教师”的称号。1992年，学校有5名中青年教师晋升为副教授，有5名教师从国外留学归来，有12名硕士研究生学成回校工作。经过多方努力，76名大中专毕业生来校工作，师资队伍进一步壮大。
