1993年2月，学校决定将专科办学体制由原来的独立办学改为与本科统一办学，以提高综合办学效益。为此，学校撤销了专科部。4月，在培训中心基础上成立了成人教育学院，加速发展成人教育事业。1993年，成人教育学院录取全日制临床医学专业专科学生30名，夜大学生311名。经批准，1994年，学校成人教育学院发展为临床医学和护理两个专业，本科、专科两个层次，全日制、夜大和半脱产三种办学形式，使学校的成人教育事业呈现良好的发展势头。
1993年，学校把调节性计划办学纳入办学主渠道，使招生制度改革前进了一步。1993年，学校共招704名学生，在完成国家计划招生的基础上，增招222名本、专科委托生和自费生。
1993年7月，学校先后印发了《锦州医学院科技开发管理暂行规定》和《锦州医学院校办产业管理暂行规定》。这两个规定的颁布实施，加快了学校科技开发的步伐，加强了科技开发、科技服务的工作管理，调动了广大教职工从事科技开发的积极性，使学校的科技开发工作有了良好的开端。继胎肝细胞悬液、LAK细胞悬液等开发项目之后，学校又开发了脑细胞活性因子和速效止血灵等新项目，其中，妇康栓和部分生物制品已在辽西地区60多家卫生单位应用，收到较好疗效，获得经济效益和社会效益双丰收。
1994年，学校按照国家和省教育改革和发展纲要，对学校九十年代教育事业发展规划进行了修订，就办学规模、发展速度、专业结构、教师队伍建设、重点学科和重点实验室建设、科技和校办产业发展、成人教育、对外开放和基本建设等方面重新进行了规划，明确了学校进一步发展的方向和工作思路。
1994年5月，学校决定增设临床药学专业，并成立临床药学教研室，隶属医学系。教研室承担药物化学、药剂学、临床药理学、药事管理四门专业课教学任务。9月，首批临床药学专业学生入学。至此，学校基本形成了临床医学、口腔医学、药学三个门类的医学教育格局。
