1995年，学校领导班子经过一段时间的深入基层调查研究，并在认真总结过去工作经验的基础上，提出了立足学校现实、面向新世纪的工作思路，提出了具体的奋斗目标。
学校持续加强党的建设，领导班子带头学习建设有中国特色的社会主义理论。在学习理论的基础上，加强了党的组织建设，坚持和完善党委领导下的校长负责制，坚持和健全了党的民主集中制，坚持集体领导和个人分工相结合的制度，制定了《锦州医学院党的工作规则》，继续坚持了《锦州医学院党员、党支部目标管理实施方案》，较有成效地开展了民主评议党员和“两先两优”评比活动，开展了基层党支部的改造工作，把党性观念强、工作热情高、思想作风正、群众基础好的党员选拔到基层党的领导岗位上来，使基层党组织的作用得到了发挥，战斗力和凝聚力得到了加强。为加强党风廉政建设，学校还制定了《锦州医学院各级领导干部廉洁自律的规定》，采取各种有效形式进行了清正廉洁教育。
干部队伍建设也加大了力度。学校按干部“四化”方针及德才兼备的标准，以“德、能、勤、绩”为考核内容，对部分单位和职能部门干部进行充实调整。在民主推荐、认真考核的基础上，调整中层干部35人，其中有4名硕士研究生和12名45岁以下干部走上领导岗位。1996年，学校又积极探索干部任用制度的改革，试行了干部试用期制度，进行了部分副处级干部公开选拔工作，从而调动了广大干部的积极性。同时，学校加大对年轻后备干部的教育和管理，初步形成了让一批懂业务、会管理、高学历、有强烈事业心和责任感的年轻优秀干部走向领导岗位的局面。
